Menghubungkan beberapa CT dalam sistem tiga-fasa memerlukan perhatian sistematis terhadap identifikasi fasa, polaritas, dan persyaratan spesifik peralatan yang terhubung. Sistem tiga-fasa dapat dikonfigurasi sebagai Wye 3 fase 4 kabel, koneksi langsung 3 fase 3 kabel, atau delta terbuka 3 fase 3 kabel, dan pengaturan koneksi CT bergantung pada konfigurasi sistem-.
Dalam sistem tiga-fasa standar, satu CT dipasang pada setiap konduktor fasa-L1, L2, dan L3. CT sering disebut sebagai CT1, CT2, dan CT3. Setiap CT memiliki sisi primernya yang dihubungkan secara seri dengan konduktor fasa yang sesuai, dan sisi sekundernya dihubungkan ke peralatan pengukuran atau proteksi.
Untuk pengukuran energi, konduktor S1 dari setiap CT dihubungkan ke terminal masukan arus yang sesuai pada meteran. Konduktor S2 dari ketiga CT biasanya dihubungkan bersama dan dibumikan pada satu titik. Konduktor S1 (seringkali berwarna putih) terhubung ke terminal masukan, dan konduktor S2 (seringkali berwarna hitam) terhubung ke terminal yang berdekatan untuk setiap fase. Pemantauan CT pada setiap fasa harus disesuaikan dengan masukan tegangan dari fasa yang sama. CT1 harus memantau fasa yang sama dengan tegangan yang terhubung ke meter di L1, CT2 harus memantau fasa yang sama dengan L2, dan CT3 harus memantau fasa yang sama dengan L3-.
Untuk relai proteksi, pengaturan koneksi mungkin lebih rumit. Dalam proteksi diferensial transformator, sambungan CT harus memperhitungkan pergeseran fasa antara sisi primer dan sekunder transformator daya. Jika belitan primer transformator terhubung delta-, CT primer dihubungkan secara bintang; jika belitan sekunder transformator terhubung bintang-, CT sekunder dihubungkan secara delta-. Ini mengkompensasi pergeseran fasa 30 derajat dan memastikan bahwa arus yang masuk ke relai berada dalam fase dalam kondisi normal.
Perlindungan gangguan tanah dalam sistem tiga-fase dapat menggunakan CT urutan-nol khusus yang dipasang di sekeliling konduktor tiga fase. Dalam konfigurasi ini, CT mendeteksi arus sisa yang mengalir hanya ketika terjadi gangguan tanah. Untuk aplikasi proteksi dimana CT disambungkan ke relai kebocoran pembumian, penghantar netral dan seluruh penghantar bertegangan harus dilewatkan melalui bukaan CT, sedangkan sambungan pembumian tidak boleh dilewatkan melalui CT.
Terlepas dari aplikasi spesifiknya, semua CT dalam sistem tiga-fasa harus memantau arus dalam arah yang sama. Apabila CT penjumlahan digunakan, CT pertama harus dihubungkan ke P1 dan P2 sedangkan CT kedua harus dihubungkan ke P3 dan P4 pada CT penjumlahan. Penting agar semua CT memantau arus dalam arah yang sama. Sirkuit sekunder harus dibumikan pada satu titik, dan polaritas setiap CT harus diverifikasi untuk memastikan pengoperasian fungsi pengukuran dan proteksi yang benar.